Στην περίπτωση πώλησης ακινήτου σε δικαιούχο απαλλαγής Α΄ κατοικίας υποβάλλεται το ίδιο έντυπο με αυτό της Ειδικής Δήλωσης αλλά δεν συμπληρώνεται ο Πίνακας 1 της 4ης σελίδας, επειδή η παράδοση αυτή δεν υπάγεται σε ΦΠΑ αλλά σε φόρο μεταβίβασης (ΦΜΑ).
Όμως στην περιοδική δήλωση της τρέχουσας φορολογικής περιόδου αναγράφεται «στα αφαιρούμενα ποσά» ο ΦΠΑ εισροών που αντιστοιχεί στη μεταβιβαζόμενη Α΄ κατοικία, προκειμένου ο εν λόγω ΦΠΑ να γίνει κόστος για τον εργολάβο κατασκευαστή.
Ο ΦΠΑ εισροών προκύπτει εάν από το βιβλίο κοστολογίου λάβουμε υπόψη το συνολικό ΦΠΑ εισροών της οικοδομής (στο συγκεκριμένο χρόνο) και τον πολλαπλασιάσουμε με τα χιλιοστά συμμετοχής της μεταβιβαζόμενης οικοδομής σαν Α΄ κατοικία.
 

Παράδειγμα:
Εργολάβος κατασκευαστής παραδίδει διαμέρισμα σαν Α΄ κατοικία. Η οικοδομή βρίσκεται στο στάδιο των επιχρισμάτων (20/3/07) και η συμφωνία είναι το διαμέρισμα να παραδοθεί έτοιμο (15/6/07).
Εάν υποθέσουμε ότι ο συνολικός ΦΠΑ εισροών μέχρι και το Μάρτιο είναι 100.000,00 € και το ποσοστό συμμετοχής της Α΄ κατοικίας είναι 200%, ο ΦΠΑ εισροών που αντιστοιχεί σ’ αυτήν είναι 20.000,00 € (100.000,00Χ20%). Το ποσό των 20.000,00 € θα πρέπει να αναγραφεί στα «αφαιρούμενα ποσά» της περιοδικής δήλωσης του τριμήνου (Ιανουάριος-Μάρτιος).
Ανάλογη εγγραφή θα πρέπει να γίνει και στην περιοδική δήλωση του τριμήνου (Απρίλιος-Ιούνιος) για το ΦΠΑ εισροών που αντιστοιχεί στις επιπλέον εργασίες προκειμένου να παραδοθεί έτοιμη η Α΄ κατοικία.